Архитектура мечети Карауин в ее современном виде, за исключением отдельных достроек и изменений в декоре, сложилась в основном в эпоху правления династии Альморавидов. Со второй половины XII века и весь город Фес стал развиваться с ориентацией на эту мечеть-университет. Позднее мечеть обросла комплексом других зданий, прежде всего, связанных с университетом и медресе. Их близкое расположение и обращенность порталов медресе на мечеть были вызваны не только архитектурными замыслами, но и необходимостью приблизить общежития студентов к месту занятий и богослужения. Медресе, завия (странноприимный дом), бани, гостиницы и другие постройки, включая торговые ряды Кайсария, плотным кольцом обступали Карауин, поэтому жилым домам горожан практически невозможно было разместиться рядом с мечетью.